അദ്ദേഹത്തിൻറെ ജുഡീഷ്യൽ ജീവിതം സഹപ്രവർത്തകരായ ജഡ്‌ജിമാരുമായും സുപ്രീം കോടതിയുമുള്ള നിരന്തരമായ തർക്കങ്ങളും വിവാദങ്ങളും നിറഞ്ഞതായിരുന്നു. താൻ ദളിത് വിഭാഗത്തിൽപ്പെട്ട ആളായതിനാൽ സഹ ജഡ്ജിമാർ പീഡിപ്പിക്കുന്നുവെന്ന് 2011 നവംബറിൽ അദ്ദേഹം ആരോപിച്ചിരുന്നു. അന്നത്തെ മദ്രാസ് ഹൈക്കോടതി ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് സഞ്ജയ് കിഷൻ കൗളിനെതിരെയും സമാനമായ ആരോപണങ്ങൾ അദ്ദേഹം ഉന്നയിച്ചിരുന്നു.

2014-ൽ കോടതി നടപടികൾ നടക്കുന്നതിനിടെ ഹാജരായി ജഡ്ജി സ്ഥാനത്തേക്ക് നിർദ്ദേശിച്ച പേരുകളെ എതിർത്ത അദ്ദേഹം, 2016-ൽ കൽക്കട്ട ഹൈക്കോടതിയിലേക്കുള്ള തന്റെ സ്ഥലംമാറ്റ ഉത്തരവ് സ്വയം സ്റ്റേ ചെയ്ത് വിവാദം സൃഷ്ടിച്ചു. 2017 ജനുവരിയിൽ ജഡ്‌ജിമാർക്കെതിരെ അഴിമതി ആരോപണം ഉന്നയിച്ച് പ്രധാനമന്ത്രിക്ക് കത്തെഴുതിയതിനെ തുടർന്ന് സുപ്രീം കോടതി അദ്ദേഹത്തിനെതിരെ സ്വമേധയാ കോടതി അലക്ഷ്യ നടപടികൾ ആരംഭിച്ചു. 2017 മേയ് 9-ന് അന്നത്തെ ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് ജെ.എസ്. ഖെഹാർ അധ്യക്ഷനായ ഏഴംഗ ബെഞ്ച് അദ്ദേഹത്തിന് ആറുമാസത്തെ തടവുശിക്ഷ വിധിച്ചു.

ഉത്തരവിനുശേഷം ഒളിവിൽ പോയ ജസ്റ്റിസ് കർണൻ 2017 ജൂൺ 12-ന് സർവീസിൽ നിന്ന് വിരമിക്കുകയും, അതേ മാസം അവസാനം കോയമ്പത്തൂരിൽ നിന്ന് അറസ്റ്റിലാകുകയും ചെയ്തു. ആറുമാസത്തെ ശിക്ഷ പൂർത്തിയാക്കി 2017 ഡിസംബറിൽ ജയിലിൽ നിന്ന് മോചിതനായ അദ്ദേഹം, 2018 മേയിൽ ഒരു രാഷ്ട്രീയ പാർട്ടി രൂപീകരിക്കുകയും 2019-ലെ ലോക്സ‌ഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പിൽ മത്സരിക്കാൻ തീരുമാനിക്കുകയും ചെയ്തു. ജഡ്‌ജിമാർക്കും വനിതാ ജുഡീഷ്യൽ ഓഫീസർമാർക്കുമെതിരെ അപകീർത്തികരമായ പരാമർശങ്ങൾ അടങ്ങിയ വീഡിയോകൾ പുറത്തുവിട്ടതിന് 2020 ഡിസംബറിൽ ചെന്നൈ പോലീസ് അദ്ദേഹത്തെ വീണ്ടും അറസ്റ്റ് ചെയ്തു. 2021 മാർച്ചിൽ വ്യവസ്ഥകളോടെ ജാമ്യം ലഭിക്കുകയും ചെയ്തു.